合同甲方只扣章在符合法定条件下有效。依据《民法典》等相关法律，合同有效需双方有民事行为能力、意思表示真实等。只扣章若满足这些条件，则合同有效。否则，可能影响合同效力，甚至导致合同无效，产生法律纠纷。
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合同甲方只扣章，处理需分情况。首先确认双方民事行为能力、真实意愿及合同内容合法性。其次，检查合同是否盖章或签字，并补全必要形式要件。最后，根据合同性质及双方约定，决定是否需要公证或见证，以确保合同效力及双方权益。
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合同甲方只扣章的处理方式，常见为确认合同其他条款是否完备并符合法规。应检查合同是否满足有效要件，如双方民事行为能力、真实意思表示等，并依据《民法典》确保合同内容合法合规。选择处理方式时，需综合考虑合同具体情况及双方意愿，确保合同有效且无违法违规之处。