针对变更协议后未支付款项的情况，首先应按照合同中的约定进行处理。如果合同没有相关约定，则双方应进行协商，协商无果后可依法起诉。根据《房地产管理法》，涉及土地转让必须办理变更登记，若未办理可能会影响到你的合法权益。
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若对方在协议变更后仍然不支付款项，可以采取协商或诉讼的方式解决。如果双方能够达成一致意见，应签订书面的补充协议。若无法通过协商解决问题，可以根据《合同法》向法院提起诉讼，由法院根据具体情况做出判决。